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cgm-analyzer

Analyzes continuous glucose monitor CSV data, calculates TIR/TAR/TBR metrics, generates AGP charts,

提供方 zinojeng|开源

CGM 血糖數據分析技能

這是一個專為 Claude Code 設計的 CGM (連續血糖監測) 數據分析技能，能夠自動處理和分析血糖數據，生成專業的分析報告。

🚀 快速開始

1. 安裝技能

將整個 cgm_skill 資料夾複製到 Claude Code 技能目錄：

# 個人技能
cp -r cgm_skill ~/.claude/skills/

# 或專案技能
cp -r cgm_skill .claude/skills/

2. 安裝依賴

cd cgm_skill/scripts
pip install -r requirements.txt

3. 執行分析

# 步驟 1: 分割原始 CSV
python scripts/split_csv.py your_cgm_data.csv ./output

# 步驟 2: 分析血糖數據
python scripts/analyze_cgm.py output/*_glucose.csv output/*_events.csv

# 步驟 3: 生成 AI 報告（需要 OpenAI API Key）
python scripts/llm_analysis.py report/metrics.json YOUR_API_KEY

📁 檔案結構

cgm_skill/
├── skill.md                    # 技能主文檔
├── README.md                   # 本說明檔案
├── knowledge/                   # 專業知識庫
│   ├── cgm_metrics.md          # CGM 指標參考
│   └── diabetes_guidelines.md  # 糖尿病管理指南
└── scripts/                     # 可執行腳本
    ├── split_csv.py            # CSV 分割工具
    ├── analyze_cgm.py          # 數據分析工具
    ├── llm_analysis.py         # AI 報告生成器
    └── requirements.txt        # Python 依賴

📊 功能特色

核心分析功能

  • ✅ Time in Range (TIR) 計算
  • ✅ 血糖變異性分析 (CV, SD, MAGE)
  • ✅ GMI 和 GRI 風險評估
  • ✅ AGP 動態血糖曲線生成
  • ✅ 每日血糖模式識別

AI 智能分析

  • 🤖 個人化血糖管理建議
  • 🤖 胰島素劑量優化建議
  • 🤖 飲食和運動建議
  • 🤖 風險預警和趨勢預測

視覺化報告

  • 📈 AGP 百分位數圖表
  • 📈 每日血糖疊加圖
  • 📈 Time in Range 圓餅圖
  • 📈 趨勢分析圖表

🔧 進階使用

自訂目標範圍

在 analyze_cgm.py 中修改目標範圍：

# 預設目標範圍
metrics = analyzer.calculate_metrics(target_range=(70, 180))

# 嚴格控制目標
metrics = analyzer.calculate_metrics(target_range=(70, 140))

# 妊娠期目標
metrics = analyzer.calculate_metrics(target_range=(63, 140))

選擇 AI 模型

支援多種 OpenAI 模型：

# 使用 GPT-4o (預設)
python llm_analysis.py metrics.json API_KEY gpt-4o

# 使用 GPT-4o-mini (較經濟)
python llm_analysis.py metrics.json API_KEY gpt-4o-mini

# 使用 GPT-5 (如有權限)
python llm_analysis.py metrics.json API_KEY gpt-5

批次處理

處理多個檔案：

#!/bin/bash
for file in data/*.csv; do
    python scripts/split_csv.py "$file" "./output/$(basename $file .csv)"
    python scripts/analyze_cgm.py "./output/$(basename $file .csv)"/*_glucose.csv
done

📝 數據格式要求

CGM 數據格式

Date,Time,Sensor Glucose (mg/dL)
2024-01-01,00:00,120
2024-01-01,00:05,118
2024-01-01,00:10,115
...

事件數據格式（選擇性）

Date,Time,Event Type,Event Subtype,Insulin Value (u),Carb Value (g)
2024-01-01,07:30,Meal,Breakfast,,45
2024-01-01,07:25,Insulin,Rapid,8,
...

🎯 使用案例

案例 1: 基本分析

# 只分析血糖數據，不含事件
python scripts/analyze_cgm.py glucose_only.csv

案例 2: 完整分析

# 包含胰島素和餐食事件
python scripts/analyze_cgm.py glucose.csv events.csv

案例 3: 自動化每日報告

# daily_report.py
import schedule
import time
from analyze_cgm import CGMAnalyzer
from llm_analysis import CGMLLMAnalyzer

def daily_analysis():
    analyzer = CGMAnalyzer("today_glucose.csv")
    metrics = analyzer.calculate_metrics()
    analyzer.generate_report("./daily_reports/")

    llm = CGMLLMAnalyzer(api_key="YOUR_KEY")
    llm.generate_comprehensive_report(metrics)

schedule.every().day.at("20:00").do(daily_analysis)

while True:
    schedule.run_pending()
    time.sleep(60)

🛠️ 故障排除

常見問題

  1. 找不到模組錯誤

    pip install --upgrade -r scripts/requirements.txt

  2. 中文顯示問題

    # 在腳本開頭加入
plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['Arial Unicode MS']
plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False

  3. API 額度不足

    • 使用 gpt-4o-mini 代替 gpt-4o
    • 減少分析頻率
    • 檢查 OpenAI 帳戶餘額

  4. 數據格式錯誤

    • 確認 CSV 包含必要欄位
    • 檢查日期時間格式
    • 移除空白行和無效數據

📖 參考資源

🤝 貢獻指南

歡迎提交 Issue 和 Pull Request！

開發環境設置

git clone https://github.com/zinojeng/CGM.git
cd CGM
python -m venv venv
source venv/bin/activate  # Windows: venv\Scripts\activate
pip install -r requirements.txt

測試

python -m pytest tests/

📄 授權

MIT License - 詳見 LICENSE 檔案

⚠️ 免責聲明

本工具僅供教育和研究用途。所有醫療決策應諮詢專業醫療人員。作者不對使用本工具造成的任何後果負責。

版本: 1.0.0 更新日期: 2024-12 作者: CGM Analysis Team 聯絡: GitHub Issues

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